第1回にTijuana-La Pazで行われてから、1995年までTijuanaからのスタートはなかったが、当時もTijuanaから120kmほど南の港町Ensenadaとの間は、すでに舗装されていたので、第1回大会でもTijuanaスタートの後Ensenadaで再スタートとなっていた。近年、毎年のようにスタート地となっているのは、そのEnsenadaであり、Ensenada To La Pazの半島縦断コースが最も多く開催されるBAJA1000のオリジナルコースだ。
主催者側、そしてメキシコ政府の事情により、2-3年に1度の割合で半島縦断コースとなるが、その他の年は、スタート地点とゴール地点が同じ、いわゆるループコースとなる。やはりEnsenadaスタート&Ensenadaゴールが最も多く開催されているが、国境の街Mexicaliのスタート&ゴールの年もあった。
また、2000年にはミレニアム記念として、Ensenadaをスタートして、半島の本当の最南端Cabo San Lucasまでの1726マイル(約2800km)でBAJA2000が行われた。
現在は、どこを通っても良いということはなく、コースマーカーで指定されたルートを辿って10箇所ほどのチェックポイントを通過して行くのだが、同じEnsenada To La Pazのコースでも毎回数10%は、新しいコースとなる。
近年のコースは、太平洋側のEnsenadaをスタートしたあと山、谷を超えカリフォルニア湾側に出る。そして半島の1/3程まで海沿いを走行した後、一度内陸に入り、国道1号に接近し再びカリフォルニア湾側へ向かう。半島の1/2まで下ると今度は半島中央部を縦断する山脈を超え国道1号を横断し、太平洋側に進む。さらに半島の2/3ほどまで太平洋側を走行後、内陸の山岳地帯を南下し再び太平洋側にでる。そのまま太平洋側を走りカリフォルニア湾側に向けて山を一つ越えるとゴール地La Pazといった感じである。
1968年のコース図を見るとその半分以上が現在の国道1号を通るルートであった事がよくわかる。
道は舗装されたり、拡幅されて走りやすくなったり多少変わってしまったが、今なお原始の姿を残すバハの大地は、今も昔も変わらずライダー達を惹きつけ止まない。オフロードパラダイスは永遠なのだ。
2年後の40周年大会では、主催者はTijuanaからのスタートを考えているらしい。